Применение двух пунктов договора подряда в отношении одного нарушения

Добрый день, Андрей,

здесь без указания точных формулировок из договора не определиться. по ГК неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения. По требованию об уплате неустойки кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков.

как вы понимаете неустойка и штраф это по сути одно и тоже понятие. но текстом договора может быть предусмотрено что при просрочке идет фиксированный штраф в определенном размере плюс пеня за каждый день. 

Если же такого пояснения у вас нет, то условия о неустойке можно попытаться оспорить как несогласованное.